Αφήνοντας κενά στο γονιδίωμα για την αναπαραγωγή φυτών αραβοσίτου με χαμηλή ευαισθησία στον παγετό και την ξηρασία

Πειράματα αγρού με διπλοειδή στελέχη ευρωπαϊκού αραβοσίτου. Credit: Tom Freudenberg, Τεχνικό Πανεπιστήμιο του Μονάχου

Η χρήση γενετικών πληροφοριών είναι πλέον απαραίτητη για τη σύγχρονη αναπαραγωγή φυτών. Αν και η αλληλουχία DNA έχει γίνει πολύ φθηνότερη από τότε που αποκωδικοποιήθηκε για πρώτη φορά το ανθρώπινο γονιδίωμα το 2003, η συλλογή πλήρους γενετικής πληροφορίας εξακολουθεί να αντιπροσωπεύει μεγάλο μέρος του κόστους της εκτροφής ζώων και φυτών. Ένα κόλπο για τη μείωση αυτών των δαπανών είναι η αλληλουχία ενός πολύ μικρού, τυχαία επιλεγμένου τμήματος του γονιδιώματος και η συμπλήρωση των υπόλοιπων κενών χρησιμοποιώντας μαθηματικές και στατιστικές τεχνικές. Μια διεπιστημονική ερευνητική ομάδα από το Πανεπιστήμιο του Γκέτινγκεν ανέπτυξε μια νέα μεθοδολογική προσέγγιση σε αυτό το θέμα, η οποία δημοσιεύτηκε στο περιοδικό PLoS Genetics.

«Η βασική ιδέα αυτής της μεθόδου είναι να αναγνωρίσουμε «μπλοκ απλότυπου», με τα οποία εννοούμε μεγαλύτερες τομές στο γονιδίωμα που μοιάζουν πολύ σε διαφορετικά φυτά λόγω γενετικής, και να χρησιμοποιήσουμε αυτή τη δομή μωσαϊκού για να συνθέσουμε τις υπόλοιπες πληροφορίες. ” λέει ο Δρ. «Σε πληθυσμούς αναπαραγωγής, οι αλληλουχίες που ολοκληρώνονται χρησιμοποιώντας αυτή τη νέα μέθοδο είναι εξίσου καλές με τη συλλογή εκατοντάδων φορές των πληροφοριών από έναν κλώνο DNA». Στόχος των ερευνητών είναι η εκτροφή καλαμποκιού τα φυτά Χαμηλή ευαισθησία στον παγετό και τις ζημιές από την ξηρασία ως μέρος του έργου MAZE. Η KWS Saat SE, ο εταίρος του έργου, χρησιμοποιεί ήδη τη μέθοδο σε προγράμματα αναπαραγωγής λόγω της οικονομικής αποδοτικότητάς της.

“Ένα άλλο πλεονέκτημα είναι ότι η μέθοδος μας επιτρέπει όχι μόνο να ανιχνεύσουμε διαφορές σε μεμονωμένα νουκλεοτίδια στον κλώνο του DNA, αλλά και να μάθουμε για δομικές διαφορές που μέχρι τώρα ήταν πρακτικά άχρηστες για αναπαραγωγικούς σκοπούς”, λέει ο Bock. Ωστόσο, ως έχει, η μέθοδος μπορεί επί του παρόντος να χρησιμοποιηθεί αποτελεσματικά μόνο για ενδογαμικές σειρές στην αναπαραγωγή φυτών. Μια μελέτη παρακολούθησης έχει ήδη προγραμματιστεί για την επέκταση της μεθόδου σε οργανισμούς με κανονικό διπλό σύνολο χρωμοσωμάτων. Αυτό σημαίνει ότι η νέα τους μέθοδος μπορεί να χρησιμοποιηθεί με τα περισσότερα σπονδυλωτά, συμπεριλαμβανομένων των ανθρώπων.

Η αναζήτηση δημοσιεύτηκε στο PLoS Genetics.


Το νέο πρόγραμμα υποστηρίζει τη λήψη αποφάσεων για τους κτηνοτρόφους ζώων και φυτών


περισσότερες πληροφορίες:
Torsten Pook et al, Αύξηση της ακρίβειας συνδεσιμότητας, της κάλυψης και του βάθους ανάγνωσης στην αλληλουχία δεδομένων χρησιμοποιώντας μπλοκ απλότυπου, PLOS γενετική (2021). DOI: 10.1371 / journal.pgen.1009944

το απόσπασμα: Leaving Gaps in the Genome of Breeding Maize Plants with Low Susceptibility to Frost Damage and Dought (2022, Jan. 3) Ανακτήθηκε στις 3 Ιανουαρίου 2022 από https://phys.org/news/2022-01-gaps-genome- καλαμπόκι-susceptibility-frost .html

Αυτό το έγγραφο υπόκειται σε πνευματικά δικαιώματα. Ανεξάρτητα από οποιαδήποτε δίκαιη συναλλαγή για σκοπούς ιδιωτικής μελέτης ή έρευνας, κανένα μέρος δεν επιτρέπεται να αναπαραχθεί χωρίς γραπτή άδεια. Το περιεχόμενο παρέχεται μόνο για ενημερωτικούς σκοπούς.

READ  Οι φυσικοί ελπίζουν ότι το τηλεσκόπιο Webb της NASA θα λύσει αυτόν τον υπέρτατο επιστημονικό στόχο

Αφήστε μια απάντηση

Η ηλ. διεύθυνση σας δεν δημοσιεύεται. Τα υποχρεωτικά πεδία σημειώνονται με *